
Sötvattentillflöden från älvar och bräckt vatten från Östersjön, vindar och landskapets utformning är de huvudsakliga faktorerna som påverkar hydrografin och vattencirkulationen längs västkusten. Det utsötade ytvattnet och det saltare bottenvattnet åtskiljs av ett gränsskikt, en så kallad haloklin. Detta skikt kan variera i tjocklek och djup men finns i Skagerraks kustvatten på ca 15 meter djup, men kan variera en hel del. Tidvattnets påverkan på havsnivån är relativt liten, som mest upp till ca 20 centimeter. Variationer i vädret med hög- och lågtryck kan ofta påverka vattenståndet mer än tidvattnet. Ytvattenströmmar från Östersjön via Öresund och Bälten, följer västkusten norrut och tillför utsötat vatten. Tillskott av saltare vatten från Nordsjön och Atlanten påverkar huvudsakligen norra Bohuslän. Påverkan från sötvatten är också stor i innerskärgården och fjordarna.
Den biologiska mångfalden ökar med den ökande salthalten längs kusten. Detta betyder att det längre norrut längs kusten finns fler arter och en högre biologisk mångfald. En liknande gradient av den biologiska mångfalden förekommer från kustnära områden med utsötat vatten till den yttre skärgården med nära oceanisk salthalt, hög exponeringsgrad och god vattenomsättning. I miljöer med utsötat vatten (estuarier) kan det även bildas en så kallad ekoton det vill säga ett ekologiskt övergångsområde med en blandning av organismer som är anpassade till sötvatten, brackvatten och saltvatten.
Skärgårdsområdets grunda havsvikar och trånga sund utgör viktiga uppväxtområden för flera kommersiellt viktiga fiskarter. Ur biologisk synpunkt är de grunda havsvikarna mycket produktiva och viktiga för såväl fisk och många olika typer av bottendjur som för flera fågelarter. De vegetationsklädda mjuka bottnarna karaktäriseras av ålgräsängar mellan 1- 8 meter djup och i mer skyddade områden med utsötat vatten förekommer också nating. Här söker många arter skydd och föda, t ex torskungar som rekryteras till dessa områden under sommaren. På de vegetationsfria områdena på ler- och sandbottnarna ovanför ålgräsängen återfinns andra arter som t.ex. sandräkor och ungstadier av plattfiskar som skrubba och rödspätta. Mellan de öppna bottnarna och ålgräset finns ofta blåmusselbankar som bildar gynnsamma livsmiljöer för många andra organismer och utgör viktig föda för bl a ejdrar och sjöstjärnor.
De grunda mjukbottenområdena är rika på bottendjur som utgör föda för uppväxande fisk. Fiskproduktionen i grunda havsvikar kan uppgå till 40- 50 kilo per hektar och år. Också de djupare bottnarna i Västerhavet är rika på livsmiljöer som hårdbottnar, kullersten, sand, skalgrus och lerbottnar. Artrikedomen är hög och har uppskattats till fler än 250 arter bottendjur större än1 mmi Skagerrak. De vanligaste djurgrupperna på mjuka bottnar är havsborstmaskar, blötdjur, kräftdjur och tagghudingar. Tätheten kan vara mycket hög, upp till 10 000 individer per kvadratmeter. Trots de höga tätheterna är tillgången på föda vanligtvis det som begränsar djurtätheten på de djupare havsbottnarna. För det kommersiella fisket är dessa områden av stor betydelse. Här fiskas bland annat torsk, kolja, vitling, plattfisk och havskräfta- arter som alla livnär sig på bottendjuren.
I havsområdet från norska gränsen i norr ner till väster om Grebbestad i söder ligger Sveriges första marina nationalpark — Kosterhavets nationalpark. Läs mer om Kosterhavets nationalpark.
. 